Rośliny zawsze odgrywały kluczową rolę w życiu ludzi. Archeobotanika to nauka, która na podstawie śladów botanicznych zachowanych w danym miejscu (nasiona, owoce, części wegetatywne, drewno, węgiel drzewny) pozwala nam opisać wiele relacji między ludźmi a roślinami. Dzięki pracom archeobotanicznym w Musti zebrano pierwsze informacje na temat gospodarki miasta i jego wiejskich terenów. Stwierdzono obecność licznych pozostałości roślin uprawnych, które potwierdzają znaczącą rolę rolnictwa w funkcjonowaniu Musti. Były to głównie zboża (np. jęczmień Hordeum vulgare, pszenica Triticum spp.) i warzywa (soczewica Lens culinaris), ale także len (Linum usitatissimum), roślina o szerokim zakresie zastosowań. Dieta roślinna była uzupełniana owocami, takimi jak figi (Ficus carica) i winogrona (Vitis vinifera). Zaskakująco niewiele znalezisk dotyczy nasion oliwek (Olea europea), podczas gdy na podstawie znalezisk węgla drzewnego można przypuszczać, że oliwki rosły w pobliżu Musti. Badania węgla drzewnego pozwalają także uzyskać informacje na temat wykorzystania surowca drzewnego przez ludzi. Na podstawie pozostałości drewna opałowego można również scharakteryzować dawną roślinność leśną. W badanych próbkach dominowały pozostałości sosny, najprawdopodobniej alepskiej (Pinus halepensis), oraz pistacji (Pistacia sp.). Oba taksony, wraz z oliwką, wskazują na rozwój roślinności śródziemnomorskiej. Wśród pozostałych taksonów dominowały pozostałości drzew owocowych (migdał Amygdalus sp., śliwka Prunus sp. i jabłoń Maloideae).