Badania kości zwierzęcych z wykopalisk w Musti przeprowadzono dotychczas tylko dla okresu wczesnego średniowiecza (VII–X wiek). Wykazały one przemiany w hodowli zwierząt w obrębie miasta i jego najbliższych okolic. Zmiany te wynikały zarówno ze zmian gospodarczych związanych z zanikiem rzymskich posiadłości na tym obszarze, jak i najprawdopodobniej z procesem stopniowego wysychania gruntów, które wcześniej były wykorzystywane jako pola uprawne. W związku z tym można zaobserwować wzrost znaczenia hodowli małych przeżuwaczy (owiec i kóz) oraz spadek udziału bydła, a także całkowity zanik hodowli świń w ostatniej fazie badanego okresu. Taki profil hodowli wskazuje na powolną zmianę w zarządzaniu zwierzętami i dostosowanie się hodowców do zmieniających się warunków środowiskowych. Hodowla bydła i świń wymaga dużych ilości wody, podczas gdy małe przeżuwacze mogą być wypasane nawet w warunkach półpustynnych. W szczególności kozy stosunkowo dobrze tolerują gorszej jakości paszę dostępną w stosunkowo suchym klimacie, dlatego nie jest zaskakujące, że w materiałach archeologicznych występuje proporcjonalnie duży udział ich kości, rzadko spotykanych w innych stanowiskach archeologicznych w Afryce Północnej.

Być może niewielki wzrost udziału szczątek psów w materiałach kostnych należy powiązać z hodowlą kóz i owiec. Psy mogły być traktowane jako zwierzęta stróżujące, pilnujące stad. Zanik hodowli świń w najwcześniejszym okresie mógł być związany ze zmianami kulturowymi i pojawieniem się innej grupy ludności, w szczególności wyznającej islam, i najprawdopodobniej wynikał z istnienia silnego tabu religijnego w tej religii, dotyczącego spożywania mięsa i innych produktów pochodzenia wieprzowego. Ponadto w Musti zaobserwowano zanik hodowli zwierząt transportowych, takich jak konie i wielbłądy, w najmłodszej fazie. Może to wskazywać na spadek znaczenia szlaków handlowych przebiegających przez miasto, ponieważ zwierzęta te, zwłaszcza wielbłądy, były wykorzystywane do transportu towarów na większe odległości ze względu na ich zdolność do wytrzymywania dłuższych okresów niedoboru wody.