Les analyses des ossements animaux provenant des fouilles de Musti n'ont jusqu'à présent été effectuées que pour la période du haut Moyen Âge (VIIe-Xe siècle). Elles ont mis en évidence des changements dans l'élevage des animaux dans la ville et ses environs immédiats. Ces changements résultaient à la fois des changements économiques liés à la disparition des propriétés romaines dans cette région et, très probablement, du processus d'assèchement progressif des terres qui étaient auparavant utilisées comme terres agricoles. On observe donc une augmentation de l'importance de l'élevage de petits ruminants (moutons et chèvres) et une diminution de la part du bétail, ainsi que la disparition totale de l'élevage porcin dans la dernière phase de la période étudiée. Ce profil d'élevage indique un changement lent dans la gestion des animaux et une adaptation des éleveurs aux conditions environnementales changeantes. L'élevage de bovins et de porcs nécessite de grandes quantités d'eau, tandis que les petits ruminants peuvent être élevés même dans des conditions semi-désertiques. Les chèvres, en particulier, tolèrent relativement bien la mauvaise qualité du fourrage disponible dans un climat relativement sec. Il n'est donc pas surprenant que les matériaux archéologiques contiennent une proportion relativement importante de leurs os, rarement trouvés dans d'autres sites archéologiques en Afrique du Nord.

La légère augmentation de la proportion de restes de chiens dans les matériaux osseux est peut-être liée à l'élevage de chèvres et de moutons. Les chiens pouvaient être considérés comme des animaux de garde, chargés de surveiller les troupeaux. La disparition de l'élevage porcin au tout début pourrait être liée à des changements culturels et à l'apparition d'un autre groupe de population, en particulier de confession musulmane, et résulterait très probablement de l'existence d'un tabou religieux fort dans cette religion concernant la consommation de viande et d'autres produits dérivés du porc. En outre, à Musti, on a observé la disparition de l'élevage d'animaux de transport, tels que les chevaux et les chameaux, au cours de la phase la plus récente. Cela pourrait indiquer un déclin de l'importance des routes commerciales traversant la ville, car ces animaux, en particulier les chameaux, étaient utilisés pour transporter des marchandises sur de longues distances en raison de leur capacité à supporter de longues périodes de pénurie d'eau.