Les plantes ont toujours joué un rôle essentiel dans la vie des hommes. L'archéobotanique est une science qui, sur la base des traces botaniques conservées dans un lieu donné (graines, fruits, parties végétatives, bois, charbon de bois), nous permet de décrire de nombreuses relations entre les hommes et les plantes. Grâce aux travaux archéobotaniques menés à Musti, les premières informations sur l'économie de la ville et de ses zones rurales ont été recueillies. La présence de nombreux vestiges de plantes cultivées a été constatée, ce qui confirme le rôle important de l'agriculture dans le fonctionnement de Musti. Il s'agissait principalement de céréales (par exemple l'orge Hordeum vulgare, le blé Triticum spp.) et de légumes (lentilles Lens culinaris), mais aussi de lin (Linum usitatissimum), une plante aux multiples usages. Le régime végétal était complété par des fruits tels que les figues (Ficus carica) et les raisins (Vitis vinifera). Étonnamment, peu de découvertes concernent les graines d'olives (Olea europea), alors que les découvertes de charbon de bois permettent de supposer que des oliviers poussaient à proximité de Musti. Les analyses du charbon de bois permettent également d'obtenir des informations sur l'utilisation du bois par les hommes. Les restes de bois de chauffage permettent également de caractériser la végétation forestière ancienne. Les échantillons étudiés contenaient principalement des restes de pin, très probablement du pin d'Alep (Pinus halepensis), et de pistachier (Pistacia sp.). Ces deux taxons, ainsi que l'olivier, indiquent le développement d'une végétation méditerranéenne. Parmi les autres taxons, les restes d'arbres fruitiers (amandier Amygdalus sp., prunier Prunus sp. et pommier Maloideae) prédominaient.